新疆医科大学新校区校址位于乌市水磨沟区苏州路东延以南、东二环路以东一片开阔的山坳丘陵地带。雪莲山以北新校区建设预计投入45亿元，拟建校舍73.9万平方米，可容纳约24000名师生学习生活。

2017年11月8日，新疆医科大新校区在乌鲁木齐市水磨沟风景秀丽的雪莲山畔举行了简朴而热烈的奠基仪式。

2019年11月11日，新疆医科大学新校区一期工程正式落成。包括主教学楼、基础医学楼、综合楼等39栋单体建筑。

2019年6月2日上午，新疆医科大学新校区三标段综合楼A段的主体封顶，吹响了新疆医科大学新校区建设一期工程九十天会战的号角。

2020年6月8日上午，新疆医科大学在新校区召开党委常委（扩大）会议，郑重宣布：“新疆医科大学新校区今天正式启用”。

学生将在本学期考完试后将有序地搬进美丽的新校区。新校区的启用，让新疆医科大学打造西部医学城的梦想变为了现实，实现建成西部地区乃至全国一流医科大学的目标指日可待。